폭발에 휘말려 어디론가 떨어진 주인공은 정신을 차리니 이상한 연구실에 떨어지게 되고, 그 때 스네이크 피스트로 부터 무전이 온다. 알마가 주인공 근처에 있다며, 두통이 잦을 거라고 하면서 주의를 준다, 그 때 연구소를 조사하던 주인공은 알마의 공격을 받게 되지만 가까스로 뿌리치게 되고, 계속해서 연구소를 조사하던 주인공은
괴 생명체에 공격을 받게 된다. 계속 뿌리치고 나아가지만.. 그 끝에는 배넷 대령이 있었다.. (이름..틀린듯?)
대령에 의해 사실이 드러나게 되고, 병원이란 시설 자체가 할렌 웨이드라는 자에 의해 만들어 졌으며,
그 목적은 복제 병사를 만들기 위한 시설이였다고, 그리고 주인공을 공격했던 괴생명체의 정체는, 원래는 평범한 군인이였지만, 복제 병사를 지휘하기 위해 소량의 초능력을 주입 시키게 되는데 실패한 작품이라는것,
즉 하빈저지만, 실패한 하빈저라는 것이였다.